Vérifiez votre cahier de laboratoire pour déterminer quels échantillons ont été chargés dans lequel voies. Lorsque vous avez chargé les puits pour votre gel, vous devriez avoir noté l'identité de chaque couloir / échantillon.
Déterminer quelle voie contient «l'échelle» des normes d'ADN. Ce sont des fragments de longueur-connue de leur distance de migration peuvent être utilisés pour déterminer la taille des fragments de l'échantillon.
En utilisant une règle, mesurer la distance sur votre image à partir de puits à la teinture de suivi, qui ont voyagé plus loin que l'une des bandes d'ADN (en d'autres termes, il sera dans le bas du gel). Inscrire ce numéro - les unités que vous utilisez ne sont pas importants.
Mesurez la distance sur votre image à partir de puits pour chacune des bandes à l '«échelle», puis diviser cette distance par la distance parcourue par la bande de colorant de suivi. Ce calcul vous donne la mobilité relative de chaque bande.
Exemple: Supposons que la bande de colorant de suivi voyagé 6 pouces et nous avons trois groupes qui ont voyagé 5, 4,5 et 3,5 pouces. Quel est leur mobilité relative?
Réponse: Nous divisons 5, 4,5 et 3,5 par 6 pour obtenir mobilités relatives de 0,833, 0,75 et 0,5833.
Entrez les mobilités relatives dans votre tableur (Excel ou tout autre programme similaire que vous utilisez) avec la taille en kilobases de chaque fragment dans l'échelle. (Le fabricant vous donne la taille de chaque fragment dans les échelles qu'ils fournissent, donc vous devriez déjà avoir cette information.)
Représenter graphiquement les données avec mobilité relative sur le x et la taille en kilobases sur l'Y.
Utilisez la fonction Trendline sur votre tableur pour adapter une équation pour les données. Cette équation doit être une équation de puissance (par exemple x ^ -2) et devrait ajuster les données relativement bien (R-coefficient d'au moins 0,9).
Regardez les bandes correspondant à vos échantillons. Rappelez-vous que des fragments d'ADN plus petits voyagent plus loin à travers le gel de grands fragments d'ADN, de sorte que ceux plus proches du colorant de suivi sera la plus petite. Notez, cependant, que si l'ADN plasmidique (circulaire) est non coupée, il deviendra "super enroulé" ou tordu comme un cordon de téléphone, qui seront effectivement amener à voyager plus loin que l'ADN linéaire de la même taille. De même, un plasmide "entaillé" qui a été incomplètement coupé sera parcourir une distance plus courte que l'ADN linéaire de la même taille. Par conséquent, vous ne pouvez pas estimer la taille de plasmides bruts de votre gel.
Faites correspondre les bandes dans chaque ligne avec l'identité de l'échantillon chargé dans cette voie et de déterminer si ce que vous voyez est ce que vous vous attendiez. Cela dépendra de la nature de l'expérience. En général, cependant, si vous digéré un plasmide d'insertion avec deux enzymes de restriction, vous attendez l'insert serait libéré de l'plasmidique car il est beaucoup plus petit que le plasmide, vous vous attendez à voir deux bandes dans cette voie, l'un près de le haut et l'autre vers le bas près du fond. Un plasmide couper avec une seule enzyme de restriction devrait former un seul groupe qui se déplace un peu plus loin que le plasmide coupé avec deux enzymes de restriction, mais loin d'être aussi loin que l'insert.
Mesurez la distance entre les puits au plasmide coupé et insérer des bandes avec votre règle. Diviser ces nombres par la distance parcourue par le colorant de suivi de piste pour trouver la mobilité relative des inserts et des plasmides coupés.
Branchez la mobilité relative des inserts et des plasmides coupées dans l'équation votre tableur calculée pour vous. Ce calcul devrait vous donner une estimation de la taille de ces plasmides.