Le principal mode de jeu dans "LEGO: Batman" dispose de trois épisodes. A chaque niveau, des héros tels que Batman, Robin et Nightwing doivent remplir cinq sous-missions contre des dizaines de méchants et de défis. Vaincre chaque niveau nécessite la pensée critique, une action rapide et l'utilisation de multiples gadgets. Passer à travers les niveaux et les méchants défaite tels que Gueule d'Argile, le Riddler et le Joker. Chaque niveau devient plus difficile, avec plus de méchants et une difficulté accrue.