Bien que ne figurant pas avec les autres outils dans le menu "Effets" de Paint.NET, vous pouvez manipuler «couche Propriétés" du menu du programme pour atteindre une variété d'effets d'image. En ajustant l'option "opacité" dans le menu "Layers Propriétés", vous pouvez traverser estomper deux images ou des objets situés sur différentes couches. Vous pouvez également supprimer milieux dans vos images, et coller les sujets de votre photo dans une autre image. Selon ce que vous souhaitez régler, il existe deux approches pour régler la transparence des images dans Paint.NET.