Ciboulette intérieur rarement souffrez de maladies graves des végétaux. La pourriture des racines peut se produire occasionnellement, mais ce problème est facilement évité en faisant que le contenant a un drainage adéquat. Les acariens, les pucerons et les mouches blanches attaquent parfois les plantations de ciboulette intérieur. Vaporiser les plantes avec un savon insecticide prêt à utiliser tous les sept à 10 jours. Couvrez la surface de la plante entière. Évitez tout contact avec du savon insecticide dans vos yeux, la peau ou les vêtements, et le garder loin des animaux. Rincez la ciboulette soigneusement avant de les manger.
Les cochenilles et de l'échelle peuvent parfois causer des problèmes. Ces parasites ne répondent pas bien aux traitements organiques et insecticides chimiques peuvent rendre ciboulette non comestibles. La meilleure option est de jeter l'usine et recommencer.