Dans "Pokemon Crystal" pour la couleur GameBoy, la Team Rocket est de retour et projette de dominer le monde en volant Pokemon d'autres formateurs. Comme un entraîneur au talent exceptionnel, il est de votre devoir de les arrêter. Lorsque vous payez une visite à la centrale à l'extérieur de Cerulean City, vous découvrez que la Team Rocket a volé une machine importante partie. Sans elle, la centrale ne peut pas fonctionner. Vous devez trouver le membre de la Team Rocket qui a volé la partie machine pour rétablir le courant de Cerulean City.