Bien qu'il partage des similitudes avec d'autres types d'iPod, l'iPod shuffle ne possèdent quelques différences, notamment l'absence d'un écran d'affichage, la capacité de stockage de plus en plus petite taille. Parce que l'iPod shuffle est considérablement plus petite que les autres modèles d'iPod, il manque connecteur dock exclusif d'Apple, qui est ce que les stations d'accueil de nombreux, y compris le SoundDock de Bose, utilisent pour jouer et iPods de charge. Cette fonctionnalité manquante ne signifie cependant pas votre iPod shuffle et SoundDock de Bose sont incompatibles.